企業在選擇MES系統工作站的工業平板電腦時，可以根據實際需求和優先級來權衡安卓系統和Windows系統。如果對系統穩定性、應用兼容性和硬件兼容性要求較高，可以考慮使用Windows系統；若對定制能力、適應惡劣環境和成本有較高要求，可以選擇安卓系統。

以下是一些考慮因素：

1. 硬件要求：如果硬件條件允許，Windows系統通常具有更高的性能和穩定性，可以提供更快的響應速度和更高的圖像質量。但是，如果工業平板電腦使用安卓系統，則通常不需要特定的硬件要求，這可能會降低成本。

2. 安全性：Windows系統通常具有更高的安全性，因為它們經過了更多的安全測試和認證。然而，安卓系統也在不斷改進其安全性，并且可以安裝安全軟件來增強安全性。

3. 應用程序生態系統：Windows系統擁有龐大的應用程序生態系統，這意味著它們可以更容易地找到并安裝各種應用程序，包括辦公套件、數據庫、生產控制等。而安卓系統應用程序生態系統雖然也日益增長，但是仍需查看第三方開發的應用是否適合該系統的運行。

因此，基于以上因素，如果您需要考慮操作系統的安全性、穩定性和可靠性，并使用特定的應用程序來處理工作站的工作流程，那么Windows系統可能更適合您的需求。然而，如果您更關注硬件成本、實時響應和控制、電池壽命和移動性，那么安卓系統可能是一個更好的選擇。

最后需要注意的是，選擇適合的工業平板電腦品牌也非常重要，因為不同的品牌可能會提供不同的操作系統選項和硬件配置。因此，在選擇工業平板電腦時，需要仔細評估品牌、操作系統、硬件配置、價格等因素，以確保選擇的設備能夠滿足您的實際需求。